Perlindungan Merek di Indonesia menganut Perlindungan Teritorial, yang dimaksud dengan perlindungan merek teritorial adalah perlindungan hanya berlaku di negara di mana permohonan merek diajukan dan diberikan. Seperti contoh Merek A di daftarkan di Indonesia kemudian di berikan sertifikat oleh Ditjen Kekayaan Intelektual, maka perlindungan hanya berlaku di Indonesia saja.
Perlindungan merek tersebut tidak berlaku di luar negara Indonesia. Pemohon yang ingin mendapatkan perlindungan merek di luar Indonesia harus mendaftarkan merek tersebut sendiri di masing-masing negara yang ingin di daftarkan,